U 5.30 sati 18. rujna 1946. policajci su ušli u zgradu Nadbiskupskog dvora na Kaptolu i priveli Alojzija Stepinca dok se spremao za misu. Stepinca su optužili da je pozdravio ustaške vođe dok se jugoslavenska vojska još borila s njemačkim i talijanskim snagama, te da je pozvao svećenstvo da s njima surađuje, pišu 24sata.
U optužnici je također pisalo da je pretvorio tradicionalne crkvene svečanosti i procesije u političke manifestacije za Antu Pavelića i služio misu svakog 10. travnja, na godišnjicu osnivanja NDH, ali i da je održao misu na otvaranju ustaškog Sabora. Osim toga optužili su ga i za prekrštavanje Srba u Hrvatskoj. No, dolaskom NDH, Stepinac se distancirao se od Pavelića, a za logor Jasenovac čak mu je pisao: “Ovo je sramotna ljaga i zločin, koji vapije u nebo za osvetom, kao što je sramotna ljaga čitavi Jasenovac za Nezavisnu državu Hrvatsku.”
Stepinac je spašavao Židove i Srbe te protestirao protiv uhićenja. Padom NDH Stepinac se nadao da će prestati progoni nevinih ljudi, no nova vlast nije ga dobro prihvatila. Uhitili su ga nakon što je odbio Titov prijedlog o odvajanju Katoličke crkve u Hrvatskoj od Svete Stolice, tj. uspostavu Hrvatske nacionalne crkve. Montirani sudski postupak bio je brz, uz bučno odobravanje pune sudnice, a Stepinac je osuđen na 16 godina zatvora i prisilnog rada, te petogodišnji gubitak političkih i građanskih prava.
Presudu je na današnji dan, 11. listopada 1946. godine, donio Vrhovni sud koji ga je proglasio krivim po svim točkama optužnice.
Na suđenju Stepinac je izjavio: “Na sve tužbe, koje su ovdje protiv mene iznesene, odgovaram da je moja savjest mirna, makar se publika tome smijala. Sada se ne kanim braniti niti apelirati protiv osude. Ja sam za svoje uvjerenje sposoban podnijeti ne samo ismjehivanje, prezir i poniženje, nego – jer mi je savjest čista – pripravan sam svaki čas i umrijeti.”
Pod pritiskom svjetske javnosti 1951. premješten je u kućni pritvor, u župni dvor u Krašiću, gdje je ostao do smrti. Papa Pio XII. imenovao ga je 1952. kardinalom, što je dovelo do konflikta s komunističkom vlašću koja mu je ponudila da napusti Hrvatsku, no Stepinac je to odbio. U internaciji je pisao i prevodio.
Sudski postupak protiv Stepinca zagrebački Županijski sud u cijelosti je poništio u svibnju 2016. godine. Reviziju presude zatražio je nadbiskupov nećak Boris Stepinac.